Parallel zu den Ausstellungen und Aquarien des Haupthauses des Meeresmuseums in der Stralsunder Katharinenkirche werden im Ozeaneum auf der Hafeninsel auf 8.700 m² Ausstellungsfläche fünf Dauerausstellungen gezeigt und in den Aquarien verschiedene Wasser- und Lebenswelten aus Ostsee, Nordsee und Nordatlantik präsentiert.
Das größte Aquarium fasst 2,6 Millionen Liter Wasser. Das Museum wurde im Jahr 2010 als Europäisches Museum des Jahres ausgezeichnet. Von der Eröffnung im Juli 2008 bis November 2017 wurden sechs Millionen Besucher gezählt.